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　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎ccc　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来bbb　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　艾德娜（罗苹·纳文RobynNevin饰）虽然年事已高但一直过着独居生活。一天，她的女儿凯（艾米莉·莫迪默EmilyMortimer饰）和孙女山姆（贝拉·希思科特BellaHeathcote饰）接到了警方的来电，告知了她们艾德娜失踪的消息。震惊之余，两人急急忙忙的赶回了祖宅bbb　　搜索行动刚刚展开没多久，艾德娜竟然自己又出现了。对于失踪的这几天的经历，艾德娜只口不提，大家也只能够以她换上了阿兹海默症来解释这一切。艾德娜的回归让大家都松了一口气，但谁知道悲剧才刚刚开始，回家后的艾德娜一改往日的心性，就仿佛变了一个人一样，有时候她的举动甚至让凯和山姆感到恐惧。

　　故事发生在繁荣昌盛的尼罗河畔，在天神荷鲁斯（尼古拉·科斯特-瓦尔道NikolajCoster-Waldau饰）的和平统治之下，百姓们安居乐业，生活在一片祥和之中。然而好景不长，邪恶的黑暗之神赛特（杰拉德·巴特勒GerardButler饰）利用阴谋诡计夺走了荷鲁斯的王座和双眼，将他驱逐囚禁，赛特生性残暴而好战，很快，整个国家陷入了混乱之中eee　　贝克（布兰顿·思怀兹BrentonThwaites饰）只是一介平凡的人类窃贼，却在意外之中成为了拯救人类的唯一希望。为了对抗强大的赛特，他千里迢迢找到了荷鲁斯，向他寻求帮助。就这样，一人一神的奇怪组合成立了。为了重新获得力量，荷鲁斯必须夺回他的眼睛，以此为目标，一行人踏上了旅途。