この世とあの世の間、三途の川に棲む妖怪、外道衆。代々外道衆と戦ってきた侍・志葉家の当主、シンケンレッドこと志葉丈瑠は、日々外道衆の尖兵・ナナシ連中と戦いを繰り広げていた。外道衆の更なる侵攻の気配を感じ取った志葉家の従者・日下部彦馬は、丈瑠に対し外道衆と戦うための家臣を集めることを進言するが、丈瑠は現代の世に殿様として他者の上に立つことへの不快感から、これを拒絶するccc　　そんなある日、ついに外道衆の幹部たちが目覚め、この世への本格的な襲撃が始まる。機が熟したと見た彦馬は、独断で志葉家家臣が育て上げた4人の若者を招集。丈瑠も渋々ながら彼らを仲間にすることを承諾し、シンケンジャーと外道衆の永き戦いが始まった。

　　大家好,我是山野梓,十一岁,绰号「小豆豆」,目前没有男朋友,不过却有一个暗恋的男生哦!他是新转来的转学生·勇之助.虽然我很喜欢他,可是却没有向他告白的勇气,而且他在班上风头很健,我的情敌也有一大卡车,特别是洋子…她又可爱、又坐在勇之助的隔壁…我要怎么办呢ccc

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　　被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战ccc　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

　　在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”eee

　　银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧aaa　　特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。　　鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。　　而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久......　　在银河边缘的67惑星域，有一颗小小的卓拉星。　　每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。　　所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。　　在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。　　也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。　　在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。　　他们驾驶着老旧的变形战机（多是VF-1）冲向鲸群。　　就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......

　　被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战ccc　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

　　本作讲述从盖塔机器人主角龙马的兒子托马登上盖塔机器人ARC的故事aaa

　　因为感觉到自己欠缺了某种制胜的关键因素，“不幸的天才击球手”儿岛弘道，与教练木野崎、投手中根一起，前往冲绳进行特训，在那里他们碰见了了号称赌博棒球从无败迹的谜样的男人——渡久地东亚ddd　　对于东亚的赌球行为深感愤慨的儿岛，提出与东亚进行一场名为"ONEOUTS"比赛——即击球手与投球手的双人对决。结果，身为天才职业击球手的儿岛，竟然惨败给了只有“三流投手”水平的东亚，同时他也深深领略到了这个男人的可怕之处。　　经过一段时间的山中修行，儿岛提出要以自己的职业生涯来赌东亚的右手，与东亚再赛一局。第二战中，拼尽全力的儿岛利用规则的漏洞，终于赢了未尝一败的东亚。　　“用那边的球棒，打断我的右手吧”，东亚按照约定伸出了自己的右手，却被儿岛紧紧握住：“谁说要打断它？我只说过要你的右手！来职业棒球的世界吧！”　　因为儿岛的关系，以投手身份进入LYCAONS球队的东亚，与球队董事、（株）彩珠组会长彩川桓雄定下了每出局一人得到五百万报酬，每失一分支付五千万罚金的疯狂赌约。　　只投直球，球速不过120公里的渡久地东亚，到底会给万年B级的弱旅LYCAONS带来怎样的奇迹呢？　　以棒球的世界为舞台，上演着超级智力的对决！在ONEOUTS的游戏中无往而不胜的男人——渡久地东亚，直觉？实力？魔术？投出无人能接住的球的秘密到底是——？

　　世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离ccc　　刺耳的警报声骤然响起，通过无线电传入每个人的耳中。八号殖民地“白雪公主”正遭到突如其来的袭击，防御力量正被迅速瓦解。与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。　　接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。　　因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展开调查，计划从玻色子跳跃系统入手，这就牵涉到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内的一些殖民地之间建立玻色子跳跃通道，这样拥有次元歪曲防壁可以经受跳跃冲击的战舰就可以通过郁金香方便的来往于各地。按照计划，星野琉璃少校任舰长的机动战舰NADESICO·B奉命出发前往葫芦计划的中枢——殖民地“天照”。　　在殖民地“天照”，琉璃受到当地指挥官的故意怠慢，于是她将计就计，表面上接受殖民地安排的所谓“检查”，暗地里利用NADESICO·B里的超级电脑“思兼”侵入“天照”的电脑系统，结果不仅发现有葫芦计划正式设计图上没有的玻色子跳跃通道，还发现大量非正式的玻色子跳跃的人体实验记录。　　正在这个时候，“天照”内的电脑系统出现反常现象，电子屏幕上充满了OTIKA的字样，无法正常工作。“OTIKA反过来就是AKITO，也就是明人”，突然想到这点的琉璃似乎预感到什么，“那是暗号，还是巧合？但是那个人……明人和由利加已经死了呀。”　　入侵者终于出现了，在玻色子的灿烂光芒中。连NADESICO也无法识别的入侵机器人虽然只有十来米长，但是激动性和威力却非常强大。这时琉璃果断地命令NADESICO进入战备状态但不参与“天照”的保卫战斗，而是静观其变。另一方面，天照出动的是凉子带队的爱特巴里斯队，入侵者似乎抵挡不住迎击而想要撤退，可是谁知这是调虎离山之计。当爱特巴里斯队被引到殖民地外圈的时候，一艘不明战舰突然通过时空跳跃出现，用重力波炮攻击使殖民地警卫队损毁严重，入侵机器人也乘乱进入了殖民地内部。　　“你认识的天河明人已经死了，我想你收下他曾生存的证据”星野琉璃，被称为“电子的妖精”的女孩，NADESICO·B的舰长琉璃+超级电脑思兼+NADESICO·C=无敌　　最后的决斗就在眼前，明人乘坐的黑色机器人蓄势待发　　“他会回来的，如果他不回来，我们便追上去，因为那个人对我们很重要”　　这时在殖民地指挥部，一伙自称火星后继者的人发动政变占领了“天照”，而另一方面紧随入侵机器人进到基地内部的凉子在那里见到了上次战争中地球和木星都想得到的火星遗迹——玻色子跳跃的黑匣子。黑暗中突然传来一阵摄人心魄的铃声，“危险！”，听到了黑色机器人驾驶员的警告，凉子侥幸躲过了偷袭。偷袭者出现了，他们就是上次在“白雪公主”大开杀界的那些僧侣，也是火星后继者背后的影子——心黑手辣的暗杀者。僧侣的首领向黑色机器人发话了，“你要死在自己的妻子面前吗”，随着这话音，遗迹缓缓展开，出现在里面的竟然是由利加。原来由利加没有死啊，凉子想，那么明人呢？刚才黑色机器人驾驶员的声音怎么这么耳熟？啊！是明人，他们都还活着！　　混战中凉子被赶来支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”终于被火星后继者给爆破了，之后火星后继者占据了火星极冠，在那里和他们的支持者集结，想要依靠遗迹的力量和统合军对抗。　　通过调查，大家得知火星后继者造就和尼鲁加路的竞争对手联合起来，希望通过掌握波色子跳跃通道的“葫芦计划”来达到起野心。为此需要那些为数不多的A级跳跃者来做玻色子单体跳跃的领航员，明人和由利加就是在蜜月旅行的时候被火星后继者绑架了的，当局为了保密才宣称他们不幸遇难。后来明人侥幸逃脱了出来，一直在暗中和火星后继者战斗。　　面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？